Horizontalidad y luz natural son los dos temas esenciales en la adaptación funcional y espacial del programa de necesidades del futuro Museo a los condicionantes arqueológicos del solar y a las singulares características del entorno urbano y del sitio…

La presencia de restos arqueológicos distribuidos en la casi totalidad del solar condicionan la disposición de los usos de mayor tamaño del futuro museo, -almacenes y sala de exposiciones-  en un nivel separado del suelo. La planta baja es un vestíbulo de acogida caracterizado por su profundidad donde se integrarán, en vasos acotados, los restos arqueológicos que se desea musealizar en una única sala de atmósfera en semi-penumbra y contraste por la luz tamizada horizontal.

El Museo construye su perfil unitario formando un prisma pétreo de granito blanco con despieces de gran formato horizontal. La cubierta de lucernarios lineales aportará la luz natural controlada y uniforme tanto en la sala de exposiciones permanentes como en el almacén de gran formato situado bajo cubierta, y en la que se sitúa -integrándose en ella, emergente- la cafetería-restaurante, espacio mirador del Museo sobre el Recinto Monumental Romano.

El acceso a la Sala de Exposiciones Permanentes se realiza desde el área de descanso en torno a la Casa Emiral mediante una escalera de ligera pendiente que invitará a una ascensión suave y al descubrimiento de la alta sala diáfana e iluminada cenitalmente desde la que se descubre sobre las copas de los pinos el ámbito del Teatro Romano desde la galería de descanso que recorre su fachada.

La Sala se organiza en tres ámbitos coincidentes con las épocas bajoimperial, visigoda e islámica en un recorrido a través de ámbitos vinculados a los altos lucernarios de luz reflejada (tipo claraboyas de doble vidrio con protección solar y mecanismos de ventilación) en torno a la recreación inspirada en el templo de San Juan de Baños limitada por una celosía de tablas de madera de 15×7,5cm  que permitirá el paso e iluminación puntuales al interior de la recreación a la vez que aislar este interior, más oscuro, de las naves ampliamente iluminadas como un exterior.

La estructura de estos espacios se realiza mediante una malla de vigas de hormigón armado de gran canto en su nivel superior que permite construir sin apoyos intermedios divisiones moduladas a 7,20 m del espacio sin tocar el suelo. El espacio expositivo permite así una estructura de salas adaptadas a la escala del recorrido anular en torno a la basílica, a la vez que una total continuidad sin particiones lo que facilitará una museografía abierta y libre adaptada a los contenidos con gran capacidad de flexibilidad futura.